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Comment interpréter un Ct pour une analyse PCR
Pour comparer des valeurs de Ct, il faut travailler avec la même technique (même laboratoire). Plus le Ct est faible, plus la quantité d’agent infectieux présente dans l’échantillon est importante.
Qu'est-ce que le Ct ?
Le Ct (Cycle threshold) est le nombre de cycles d’amplification nécessaires pour que le signal fluorescent d’une PCR en temps réel devienne détectable.
Chaque cycle double théoriquement la quantité du matériel génétique (et donc du pathogène).
Plus il y a d’agent infectieux dans l’échantillon au départ, moins il faudra de cycles pour le détecter.
En résumé :
- Ct faible = beaucoup de pathogène (ADN ou ARN)
- Ct élevé = peu de pathogène (ADN ou ARN)
Comment interpréter un Ct ?
| Valeur du Ct | Interprétation | Quantité de pathogène (ADN ou ARN) |
|---|---|---|
| < 25 | Fortement détecté | Élevée |
| 25 à 35 | Détecté | Modérée |
| > 35 | Faiblement détecté* | Très faible |
* Un Ct supérieur à 35 doit toujours être interprété avec prudence et replacé dans le contexte clinique, épidémiologique et des autres examens complémentaires.
Ce qu'un Ct ne dit pas
Le Ct ne permet pas, à lui seul, de conclure :
- à la gravité de la maladie,
- au caractère contagieux de l’animal,
- à la présence d’un agent infectieux vivant,
- à l’ancienneté de l’infection.
Une PCR détecte du matériel génétique, qui peut persister après la perte de viabilité du pathogène.
Pourquoi deux laboratoires peuvent-ils obtenir des Ct différents chez un même cheval ?
Le Ct dépend de nombreux paramètres :
- Qualité du prélèvement,
- Quantité de matériel recueilli,
- Type d’écouvillon,
- Méthode d’extraction des acides nucléiques,
- Automates utilisés,
- Réactifs aux kits employés,
- Cibles génétiques analysées.
Les Ct ne sont donc comparables qu’au sein d’une même méthode analytique.
En pratique
Ct < 25
✔ Forte quantité de pathogène (ADN ou ARN)
Compatible avec une excrétion importante ou une infection active, sans que cela préjuge de la gravité clinique.
Ct entre 25 et 35
✔ Quantité intermédiaire de pathogène (ADN ou ARN)
Résultat compatible avec une infection en cours, dont l’interprétation dépendra du contexte clinique.
Ct > 35
✔ Très faible quantité de pathogène (ADN ou ARN)
Peut correspondre :
- Au début d’une infection,
- À une phase tardive,
- À une faible excrétion,
- À des traces résiduelles de matériel génétique.
Une interprétation prudente est indispensable.
Exemple pratique : épidémie de grippe équine
Dans une écurie de concours, plusieurs chevaux présentent de la fièvre et de la toux.
Deux chevaux sont testés par PCR sur écouvillon nasopharyngé.
| Cheval | Résultat PCR | Interprétation |
|---|---|---|
| Cheval A | Ct = 19 | Très forte quantité de virus détectée |
| Cheval B | Ct = 33 | Faible quantité de virus détectée |
Cheval A (Ct = 19)
Ce cheval possède une charge virale très élevée dans son prélèvement.
Il est probablement :
- En phase aiguë de l’infection,
- Fortement excréteur,
- Susceptible de contaminer facilement les autres chevaux.
Ce résultat est cohérent avec un cheval présentant une forte fièvre et des signes respiratoires marqués.
Cheval B (Ct = 33)
La PCR détecte également le virus, mais en beaucoup plus faible quantité.
Plusieurs situations sont possibles :
- Le cheval est au tout début de l’infection et la multiplication virale débute ;
- Il est en phase de guérison et l’excrétion diminue ;
- Il présente une infection peu productive ou un prélèvement contenant peu de matériel viral.
À lui seul, le Ct ne permet pas de distinguer ces situations.
Ce qu'il ne faut PAS conclure
Il serait incorrect de dire :
« Le cheval A est forcément plus malade que le cheval B. »
ou
« Le cheval B n’est pas contagieux parce que son Ct est élevé. »
En réalité :
- Certains chevaux très excréteurs présentent peu de signes cliniques ;
- D’autres peuvent être très fébriles avec une charge virale déjà en diminution ;
- La contagiosité dépend également du moment du prélèvement, de la qualité de l’écouvillon, de la réponse immunitaire, du statut vaccinal et de l’agent pathogène
Remarque : si le cheval est bien vacciné, il sera protégé par le vaccin, sera donc moins excréteur du virus et aura donc un Ct plus faible
Pourquoi la différence est-elle si importante ?
En PCR, une différence de 3,3 Ct correspond approximativement à une multiplication par 10 de la quantité de matériel génétique.
Entre un Ct de 19 et un Ct de 33, il existe 14 cycles d’écart.
Cela représente environ 14 ÷ 3,3 ≈ 4,2 logarithmes soit environ 20 000 fois plus de matériel génétique viral chez le cheval ayant un Ct de 19 que chez celui ayant un Ct de 33.
Les deux chevaux sont PCR positifs, mais la quantité de virus détectée est très différente.
Les facteurs qui influencent le Ct
Le Ct peut varier selon :
- La qualité du prélèvement,
- Le prélèvement (écouvillon naso-pharyngé vs sang, par exemple),
- Le moment du prélèvement par rapport au début de l’infection,
- La conservation et le transport de l’échantillon,
- La technique utilisée par le laboratoire.
Remarque : concernant les agents de la piroplasmose (T. equi ou N. Caballi), le Ct est rarement inférieur à 25 et ce, même lors d’épisode aigu.
Message clé LABÉO
Le Ct est un indicateur de la quantité de matériel génétique détecté par PCR : plus il est faible, plus la quantité d’ADN ou d’ARN cible est importante.
En revanche, le Ct ne reflète à lui seul ni la gravité de la maladie, ni le caractère infectieux de l’animal.
Son interprétation doit toujours être réalisée en tenant compte des signes cliniques, du contexte épidémiologique,
du statut vaccinal, du type de prélèvement et de la méthode analytique utilisée.