Comment interpréter un Ct pour une analyse PCR

Pour comparer des valeurs de Ct, il faut travailler avec la même technique (même laboratoire). Plus le Ct est faible, plus la quantité d’agent infectieux présente dans l’échantillon est importante.

Le Ct (Cycle threshold) est le nombre de cycles d’amplification nécessaires pour que le signal fluorescent d’une PCR en temps réel devienne détectable.

Chaque cycle double théoriquement la quantité d’ADN ou d’ARN cible.

Plus il y a d’agent infectieux dans l’échantillon au départ, moins il faudra de cycles pour le détecter.

En résumé :

• Ct faible = beaucoup d’ADN ou d’ARN
• Ct élevé = peu d’ADN ou d’ARN

* Un Ct supérieur à 35 doit toujours être interprété avec prudence et replacé dans le contexte clinique, épidémiologique et des autres examens complémentaires.

Le Ct ne permet pas, à lui seul, de conclure :

• à la gravité de la maladie,
• au caractère contagieux de l’animal,
• à la présence d’un agent infectieux vivant,
• à l’ancienneté de l’infection.

Une PCR détecte du matériel génétique, qui peut persister après la disparition de l’agent infectieux viable.

Le Ct dépend de nombreux paramètres :

• Qualité du prélèvement,
• Quantité de matériel recueilli,
• Type d’écouvillon,
• Méthode d’extraction des acides nucléiques,
• Automates utilisés,
• Réactifs employés,
• Cibles génétiques analysées.

Les Ct ne sont donc comparables qu’au sein d’une même méthode analytique.

Ct < 25
✔ Forte quantité d’ADN ou d’ARN.
Compatible avec une excrétion importante ou une infection active, sans que cela préjuge de la gravité clinique.

Ct entre 25 et 35
✔ Quantité intermédiaire.
Résultat compatible avec une infection en cours, dont l’interprétation dépendra du contexte clinique.

Ct > 35
✔ Très faible quantité de matériel génétique.

Peut correspondre :

• Au début d’une infection,
• À une phase tardive,
• À une faible excrétion,
• À des traces résiduelles de matériel génétique.

Une interprétation prudente est indispensable.

Dans une écurie de concours, plusieurs chevaux présentent de la fièvre et de la toux.
Deux chevaux sont testés par PCR sur écouvillon nasopharyngé.

Cheval A (Ct = 19)

Ce cheval possède une charge virale très élevée dans son prélèvement.

Il est probablement :

• En phase aiguë de l’infection,
• Fortement excréteur,
• Susceptible de contaminer facilement les autres chevaux.

Ce résultat est cohérent avec un cheval présentant une forte fièvre et des signes respiratoires marqués.

Cheval B (Ct = 33)

La PCR détecte également le virus, mais en beaucoup plus faible quantité.

Plusieurs situations sont possibles :

• Le cheval est au tout début de l’infection et la multiplication virale débute ;
• Il est en phase de guérison et l’excrétion diminue ;
• Il présente une infection peu productive ou un prélèvement contenant peu de matériel viral.

À lui seul, le Ct ne permet pas de distinguer ces situations.

Il serait incorrect de dire :

« Le cheval A est forcément plus malade que le cheval B. »
ou
« Le cheval B n’est pas contagieux parce que son Ct est élevé. »

En réalité :

• Certains chevaux très excréteurs présentent peu de signes cliniques ;
• D’autres peuvent être très fébriles avec une charge virale déjà en diminution ;
• La contagiosité dépend également du moment du prélèvement, de la qualité de l’écouvillon, de la réponse immunitaire, du statut vaccinal et de l’agent pathogène

Remarque : si le cheval est bien vacciné, il sera protégé par le vaccin, sera donc moins excréteur du virus et aura donc un Ct plus faible

En PCR, une différence de 3,3 Ct correspond approximativement à une multiplication par 10 de la quantité de matériel génétique.
Entre un Ct de 19 et un Ct de 33, il existe 14 cycles d’écart.

Cela représente environ 14 ÷ 3,3 ≈ 4,2 logarithmes soit environ 16 000 à 20 000 fois plus de matériel génétique viral chez le cheval ayant un Ct de 19 que chez celui ayant un Ct de 33.

Les deux chevaux sont PCR positifs, mais la quantité de virus détectée est très différente.

Le Ct peut varier selon :

• La qualité du prélèvement,
• Le site de prélèvement,
• Le moment du prélèvement par rapport au début de l’infection,
• La conservation et le transport de l’échantillon,
• La technique utilisée par le laboratoire.